Lög
Hólaskóli – Háskólinn á Hólum starfar samkvæmt lögum um búnaðarfræðslu (57/1999) með áorðnum breytingum. Starfsemi skólans er á ábyrgð menntamálaráðherra sem einnig ber ábyrgð á að skólinn uppfylli skilyrði um gæði menntunar samkvæmt lögum um háskóla (63/2006). Háskólinn á Hólum er miðstöð fyrir kennslu og rannsóknir í hrossarækt og hestamennsku, fiskeldi og ferðaþjónustu í dreifbýli. Við skólann er heimilt að starfrækja alþjóðlega deild í hrossarækt og hestamennsku þar sem innheimta má skólagjöld. Stjórn Háskólans á Hólum er heimilt að stofna til kennslu eða rannsókna á öðrum fræðasviðum, enda uppfylli starfsemin skilyrði til viðurkenningar samkvæmt lögum nr. 63/2006, um háskóla.

Skipurit, nefndir og ráð
Eftirfarandi mynd sýnir stjórnsýslu Hólaskóla – Háskólans á Hólum:

Stjórn Háskólans á Hólum er falin háskólaráði og rektor. Háskólaráð markar stefnu í kennslu og rannsóknum og mótar skipulag háskólans. Ákvarðanir um skipulagningu fagdeilda háskólans og starfstilhögun eru teknar af háskólaráði.

Rektor Háskólans á Hólum er æðsti fulltrúi skólans gagnvart mönnum og stofnunum innan skólans og utan. Hann er skipaður til fimm ára í senn, er yfirmaður stjórnsýslu háskólans og ber ábyrgð á gerð starfs- og rekstraráætlana og að þær séu samþykktar af háskólaráði. Rektor stýrir starfsemi háskólans og hefur frumkvæði að því að háskólaráð marki sér heildarstefnu í málefnum skólans. Ráðningarvald yfir öllum starfsmönnum skólans er á höndum rektors.

Háskólaráð
Skúli Skúlason rektor er formaður háskólaráðs. Aðrir ráðsmenn eru:
Herdís Á. Sæmundardóttir og Sigurjón Rúnar Rafnsson til vara, skipuð af landbúnaðarráðherra
Anna María Sigurðardóttir og Sigríður Björnsdóttir til vara, tilnefndar af menntamálaráðherra
Sigurður S. Snorrason og Ágústa Guðmundsdóttir til vara, tilnefnd af Háskóla Íslands
Kristinn Hugason tilnefndur af sjávarútvegsráðherra
Ólafur H. Einarsson og Bergur Jónsson til vara, tilnefndir af Félagi tamningamanna
Svanhildur Pálsdóttir og Sævar Skaptason til vara, tilnefnd af samgönguráðherra
Guðmundur Ögmundsson tilnefndur af Stúdentafélagi Hólaskóla
Bjarni Kristófer Kristjánsson og Guðrún Helgadóttir til vara, tilnefnd af starfsmönnum Hólaskóla.

Yfirstjórn og deildir
Við Háskólann á Hólum eru þrjár deildir sem hver um sig ber ábyrgð á þeim námsleiðum og kennslu- og rannsóknaverkefnum sem tilheyra viðkomandi deild. Með samnýtingu mannafla, aðstöðu til tilrauna, kennslutækja sem og annarrar aðstöðu er stefnt að því að efla fjölbreytt vísindastarf og tryggja hagkvæmni í rekstri.
Yfirstjórn háskólans sinnir daglegum rekstri og samræmir starf sviða og deilda. Í yfirstjórn sitja rektor, deildarstjórar og fjármálastjóri.

Yfirstjórn:
Rektor Skúli Skúlason, Þetta tölvupóstfang er varið gegn ruslpósts þjörkum, Þú verður að hafa JavaScript virkt til að sjá það.
Deildarstjóri ferðamáladeildar Guðrún Helgadóttir, Þetta tölvupóstfang er varið gegn ruslpósts þjörkum, Þú verður að hafa JavaScript virkt til að sjá það.
Deildarstjóri fiskeldis- og fiskalíffræðideildar Bjarni Kristófer Kristjánsson, Þetta tölvupóstfang er varið gegn ruslpósts þjörkum, Þú verður að hafa JavaScript virkt til að sjá það.
Deildarstjóri hestafræðideildar Víkingur Gunnarsson, Þetta tölvupóstfang er varið gegn ruslpósts þjörkum, Þú verður að hafa JavaScript virkt til að sjá það.
Fjármálastjóri Guðmundur B. Eyþórsson, Þetta tölvupóstfang er varið gegn ruslpósts þjörkum, Þú verður að hafa JavaScript virkt til að sjá það.

Kennslusvið
Námsbrautir háskóladeildanna mynda kennslusvið skólans. Rektor skipar sviðsstjóra kennslumála til tveggja ára. Hann hefur yfirumsjón með samræmingu námsbrauta. Starfsmenn kennslusviðs hafa umsjón með nemendabókhaldi, aðstoða deildir við inntöku nemenda og skipulag kennslu, sjá um gerð kennsluskrár og veita kennurum aðstoð. Kennslunefnd er skipuð af rektor. Sviðstjóri kennslumála er formaður nefndarinnar. Kennslunefnd ber ábyrgð á gæðastjórnun námsins  og ákveður úrbætur eftir því sem þörf gerist í samvinnu við yfirstjórn háskólans. Kennslunefnd fjallar um kennsluskrár fyrir einstakar námsbrautir, mótar reglur um skráningu og eftirlit með framvindu náms, setur meginreglur um inntöku nemenda, námsmat og mat á öðru námi. Jafnframt fjallar kennslunefnd um málefni sem varða tæknileg atriði í námi og samstarf við aðrar háskólastofnanir. Kennslunefnd sker úr um ágreiningsmál sem upp kunna að koma í framkvæmd kennslu eða námsmats.
Sviðsstjóri: Guðrún Þóra Gunnarsdóttir

Kennslunefnd:
Guðrún Þ. Gunnarsdóttir, formaður
Guðrún Helgadóttir fulltrúi ferðamáladeildar
Bjarni Kristófer Kristjánsson, fulltrúi fiskeldis- og fiskalíffræðideildar
Guðrún J. Stefánsdóttir, fulltrúi hestafræðideildar 
Lilja Pálmadóttir og Vilborg Gissurardóttir fulltrúar nemenda

Rannsóknarsvið
Rannsóknir háskóladeildanna mynda rannsóknasvið skólans. Rektor skipar sviðsstjóra og rannsóknarnefnd til tveggja ára í senn. Nefndin hefur yfirumsjón með samræmingu rannsóknanna. Hlutverk rannsóknasviðs er að veita aðstoð við gerð umsókna og stýringu rannsóknaverkefna.
Sviðsstjóri: Helgi Thorarensen

Rannsóknarnefnd:
Helgi Thorarensen, formaður
Ingibjörg Sigurðardóttir, fulltrúi ferðamáladeildar
Ólafur Sigurgeirsson, fulltrúi fiskeldis- og fiskalíffræðideildar
Sveinn Ragnarsson, fulltrúi hestafræðideildar
Rán Sturlaugsdóttir, fulltrúi framhaldsnema

Svið framhaldsnáms
Námsbrautir á meistara og doktorsstigi mynda svið framhaldsnáms. Yfirumsjón með samræmingu á framhaldsnámi innan háskólans hefur sviðsstjóri framhaldsnáms sem rektor skipar til tveggja ára í senn. Á sviðinu starfar framhaldsnámsnefnd sem skipuð er einum fulltrúa frá hverri deild, sérfræðingi utan skólans sem skipaður er af rektor, fulltrúa framhaldsnema auk sviðsstjóra, sem er formaður nefndarinnar. Hlutverk framhaldsnámsnefndar er að tryggja tengsl við aðrar menntastofnanir og hafa forgöngu um samræmingu námsins. Hún ber einnig ábyrgð á gæðastjórnun námsins í háskólanum.
Sviðsstjóri: Helgi Thorarensen

Framhaldsnámsnefnd:
Helgi Thorarensen, formaður
Martin Gunnar Gren fulltrúi ferðamáladeildar
Stefán Óli Steingrímsson, fulltrúi fiskeldis- og fiskalíffræðideildar
Sveinn Ragnarsson, fulltrúi hestafræðideildar
Óskipaður, fulltrúi framhaldsnema
Sigurður S. Snorrason, utanaðkomandi sérfræðingur

Rekstrar- og þjónustusvið

Við Háskólann á Hólum er rekstrar- og þjónustusvið undir forystu rekstrarstjóra. Undir sviðið heyrir m.a. almenn skrifstofa, starfsmannahald, fjármál, umsjón fasteigna og rekstur stoðeininga eins og t.d. bókasafn. Starfsþróunarnefnd er skipuð af rektor til tveggja ára í senn. Í nefndinni sitja rekstrarstjóri, sem er formaður nefndarinnar, fulltrúar deilda og fulltrúar tilnefndir af stéttarfélögum. Hlutverk nefndarinnar er að halda utan um starfsþróun, framgang og stigamat starfsmanna og fjalla um veitingu rannsóknaleyfa (sbr. 18. gr.). Nefndin vinnur náið með stigamatsnefnd.

Starfsþróunarnefnd:
Sigurbjörg B. Ólafsdóttir, formaður
Guðrún Þ. Gunnarsdóttir, fulltrúi ferðamáladeildar
Einar Svavarsson, fulltrúi fiskeldis- og fiskalíffræðideildar
Víkingur Gunnarsson, fulltrúi hestafræðideildar
Stefán Óli Steingrímsson, fulltrúi FÍN
Rósa Bjarnadóttir, fulltrúi Útgarðs
María Gréta Ólafsdóttir, fulltrúi Sfr

Guðbrandsstofnun
Guðbrandsstofnun er sjálfstæð rannsókna- og fræðastofnun við Háskólann á Hólum, sem starfar samhliða sviðum háskólans. Markmið stofnunarinnar er að treysta þekkingu á sviði ýmissa fræðigreina, einkum guðfræði, sögu, bókmennta, fornleifafræði, siðfræði, prentlistar, kirkjulistar, tónlistar og myndlistar og þeirra greina raunvísinda sem stundaðar eru bæði við Háskóla Íslands og Háskólann á Hólum. Einnig stendur stofnunin fyrir öflugu tónlistar- og menningarlífi á Hólum.
Stjórn Guðbrandsstofnunar skipa:
Jón Aðalsteinn Baldvinsson vígslubiskup
Einar Sigurbjörnsson prófessor við HÍ
Skúli Skúlason rektor Hólaskóla

Í starfsreglum skólans má lesa nánar um hlutverk nefnda og embætta.