Sögusetur íslenska hestsins var stofnað á Hólum í Hjaltadal 9. júní 2001 af Hestamiðstöð Íslands, Byggðasafni Skagfirðinga og Hólaskóla. Sögusetrið var gert að sjálfseignarstofnun árið 2006 og eru stofnaðilar hennar Byggðasafn Skagfirðinga og Hólaskóli-Háskólinn á Hólum.
Sumarið 2010 flutti Sögusetrið inn í Gamla hesthúsið á Hólum, þar sem setrinu hefur verið búin glæsileg aðstaða fyrir sýningar og aðra starfsemi.